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Discovery Studio 产品中心Discovery Studio

产品名称(英文):Discovery Studio

产品名称(中文):药物发现与生物大分子谋略模拟平台

软件厂家:BIOVIA

PDF引见 :点击下载

产品简介:

Discovery StudioTM(简称DS),是全球着名的基于Windows系统,正在统一的事变界面下,集成了统统药物假想与生物大分子计算方法与模拟器械的软件平台

太阳城2007
  • 产品详情
  • 常见问题

   


      Discovery Studio™(简称DS),基于Windows/Linux系统,面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟状况。它效力于生命科学领域的执行生物学家、药物化学家、组织生物学家、谋略生物学家和谋略化学家,应用于蛋白质组织服从钻研,和药物发现。为科学家供给易用的蛋白质模拟、药物的假想与优化器械。经过历程下质量的图形界面、经多年考据的科学算法和集成的状况,DS将执行数据的生计、管理与专业水准的建模、模拟器械集成在一起,为钻研军队的合作与信息同享供给平台。


 

Discovery Studio的主要模拟服从包含:

  •   生物大分子:卵白/核酸的序列理会、卵白退化理会、蛋白质三维组织的瞻望与模拟、蛋白质组织里面电荷理会及pKa值瞻望、膜蛋白的组织瞻望与模拟、抗体组织的瞻望与模拟、卵白理性假想、虚拟氨基酸突变、二硫键瞻望、虚拟丙氨酸扫描、虚拟饱和突变、卵白聚集效应瞻望、抗体的假想与优化、抗体人源化、抗体亲和力成熟、酶的假想与优化、核酸的假想与模拟、卵白-卵白(核酸/多肽)相互作用瞻望、卵白-小分子相互作用瞻望、X-ray晶体结构理会等;

  •   谋略化学:分子力学谋略和分子动力学模拟、拉伸分子动力学模拟、量子力学/分子力学(QM/MM)谋略等;

  •   基于靶标组织药物假想:基于靶标组织的化合物虚拟选择、全新药物假想、me too/me better药物假想、药靶作用机制正文、分子对接、基于片段的药物假想与刷新等;

  •   基于配体药物假想部分:完好基于配体的药效团假想、基于配体-受体复合物的药效团假想、化合物数据库的构建和选择、药效团数据库的构建与生计、基于药效团数据库的反向找靶、定量构效相干理会(QSAR/QSPR)、构效相干理会(MMP)、虚拟组合化学库的假想与理会、类药性选择、化合物构象搜索和理会、化合物ADMET性质瞻望等;
 
      基于上述模拟服从,Discovery Studio的应用主要涵盖药物、化学、生物三大学科,钻研领域包含:疾病的病发机理钻研、新药发现和假想、生物信息学、组织生物学、酶学、免疫学、病毒学、蛋白质工程、肿瘤钻研、食品科学、状况毒理钻研等。


Discovery Studio功能模块简介

基本界面和展现模块

  •  Discovery Studio Standalone

  •  Discovery Studio Visualizer Client

  •  Pipeline Pilot Server

  •  Discovery Studio Visualizer

  •  ActiveX Control

蛋白质模建及模拟模块

  •  DS MODELER

  •  DS Protein Refine

  •  DS Protein Families

  •  DS Protein Health

  •  DS Sequence Analysis

  •  DS Protein Docking

  •  DS Biopolymer

  •  DS Protein Aggregation

分子力学、分子动力学、分子力学/量子力学模拟模块

  •  DS CHARMm

  •  DS CHARMm Lite

  •  DS CFF (低级II类力场)

  •  DS MMFF (Merck Molecular Force Field)

  •  DS Analysis

  •  DS QUANTUMm

基于组织的药物发现和假想模块

  •  DS Flexible Docking

  •  DS LigandFit

  •  DS LibDock

  •  DS LigandScore

  •  DS CDOCKER

  •  DS GOLD interface

基于片段的药物假想模块

  •  DS Ludi

  •  DS De Novo Evolution

  •  DS MCSS

  •  DS Grow Scaffold

  •  |澳门葡京赌场DS Replace Fragment

基于药效团的药物发现和假想模块

  •  DS Catalyst Conformation

  •  DS Catalyst Hypothesis

  •  DS Catalyst Shape

  •  DS Catalyst Score

  •  DS Catalyst Structure Based Pharmacophore (SBP)

  •  DS Catalyst DB Build

  •  |DS Catalyst DB Search

  •  DS De Novo Ligand Builder

  •  PCDB (PharmaCoreDB)

  •  PharmaDB

基于小分子的药物发现和假想模块

  •  DS QSAR,DS QSAR+

  •  DS MMP

  •  DS DMOL3 Descriptor

  •  DS Library Design

  •  DS ADMET & |葡京真人线上开户TOPKAT Toxicity Bundle

生物大分子X-ray晶体结构理会模块

  •  DS X-RAY

 

基本界面和展现模块

  •  Discovery Studio Standalone

可视化界面,是运用Discovery Studio软件住手分子假想和模拟的根蒂基本,支持“服务器(server)-客户端(client)”安装正在同一台机器上的运转情势。与Pipeline Pilot Server结合在一起,供给化学/生物学数据展现、静态改变展示、三维作图、动画的输出等展现服从,及许多其余模拟理会服从,如三维分子的构建、受体结合口袋的快速展现、分子间2D/3D相互作用的理会与现实、基于MMP方法的SAR理会、基于药化反响反应住手化合物的片段生长、基于电子等排体交流的化合物骨架跃迁和二硫键突变位点瞻望。

 

  •  Discovery Studio Visualizer Client

“服务器(server)-客户端(client)”运转情势中、客户端的可视化界面,用于访问和应用服务器端的Discovery Studio软件。必须与服务器端设置的Pipeline Pilot Server协同事变,为用户供给数据、事变流程和谋略资源的同享。

 

  •  Pipeline Pilot Server

软件的谋略服务器端。

 

  •  Discovery Studio Visualizer

免费的分子结构展现和理会软件,搜罗Discovery Studio Visualizer Client的部分展现服从,但没法与谋略服务器Pipeline Pilot跟尾。此产品经过历程注册下载获得。

 

  •  ActiveX Control

免费的分子三维组织展现插件。适用于Windows状况,该插件可以或许赞助用户正在IE、Powerpoint中直接展现和理会分子的三维组织。此产品经过历程注册下载获得。

 

蛋白质模建及模拟模块

  •  DS MODELER

只要给出未知组织序列与另一个已知三维组织且具有一定同源性的卵白,运用家当标准的快速同源模建方法,便可自动并快速瞻望卵白组织。可瞻望的卵白组织类型包含酶、抗体、跨膜蛋白。关于靶标发现及卵白眷属服从组织理会,MODELER是一个梦想的解决方案。用MODELER借可以或许模拟卵白突变,住手loop区模建及基于组织的比对并构建有配体结合的卵白组织模型。结合Sequence Analysis模块,可以或许全自动完成抗体Fab区、Fv区和全长抗体组织的模建。结合Discovery Studio里模拟及以组织为根蒂基本的药物假想的功能模块,用MODELER借可以或许深切钻研卵白组织及服从的相干。同时,MODELER递次支持并行谋略。

 

  •  DS Protein Refine

运用CHARMm对模建好的蛋白质住手侧链和loop区的优化,前进卵白同源模型的准确性。

 

  •  DS Protein Families

理会卵白眷属卵白序列的保守情势和正在三维构造上保守残基的位置,可以或许正在分子水平上更好天了解到卵白服从机制。Protein Families简单易用的流程(protocols),也可一步步天指点用户住手理会,从卵白眷属的序列或组织比对,到退化踪迹理会。而退化踪迹理会包含用分层散类的方法去直立卵白眷属系统树(phylogenetic tree)图和把这些得到的服从注释信息画到三维组织上去。住手序列比对时,允许凭证需求对比对结果增添约束,前进活性部位关键残基的比对效果。

 

  •  DS Protein Health

蛋白质三维组织合理性评价器械。Protein Health模块运用Profiles 三维方法,经过历程将三维组织的组织状况与特定氨基酸残基的优先外界状况相比较,获得相关组织性质与氨基酸序列信息之间的相干。经过历程Protein Health模块的理会,用户可以或许随意马虎快速天找到蛋白质组织中不合理的区域。

 

  •  DS Sequence Analysis

与服从已知的其余卵白序列住手比对,是一定卵白生物服从的第一步。用Sequence Analysis可以或许让用户应用BLAST及PSI-BLAST算法去搜索本地数据库也许NCBI网上数据库,一定卵白序列的同源区域。搜索结果正在交互的报告花腔里展现以随意马虎住手进一步的理会及正在其余Discovery Studio模块里面的应用。基于上述理会序列理会结果,可以或许住手退化树的构建和理会。Discovery Studio同时借支撑抗体序列的注释服从、种系基因V基因和J基因的识别服从,和基于卵白序列住手卵白翻译后修饰位点、抗原线性表位的瞻望服从和卵白分子量、等电点、净电荷等生物物理学性质的谋略服从。

 

  •  DS Protein Docking

快速而准确的卵白-卵白(核酸/多肽)复合物组织瞻望器械。Protein Docking回收模范牢固的ZDOCK算法瞻望卵白-卵白复合物组织,共包含ZDOCK、ZRANK、RDOCK三个谋略模块。ZDOCK用于卵白-卵白刚性对接,ZRANK用于对ZDOCK得到的组织住手基于能量的重打分,RDOCK则基于CHARMm能量最小化方法优化ZDOCK得到的组织。Discovery Studio中借供应对ZDOCK结果住手包含聚类分析在内的理会服从,赞助用户随意马虎快速天缩小范围,锁定感兴趣的复合物组织。

 

  •  DS Biopolymer

DS Biopolymer模块整合了Delphi服从,为用户供给支配简单易学且实用的模型搭建和生物大分子静电势理会器械。DS Biopolymer可用于搭建和修饰蛋白质和小肽分子、将蛋白质复合物分红差异的组分、快速发作肽类或蛋白质分子的性质理会报告、谋略卵白的静电势漫衍和溶剂化能和卵白氨基酸残基pKa值、谋略卵白偶极矩随pH的改变、评价蛋白质的溶解性和黏度。DS Biopolymer发作的小分子和生物大分子模型可以或许正在Discovery Studio其他模块中住手进一步的理会。

 

  •  DS Protein Aggregation

瞻望抗体、卵白、多肽等生物类型的药物正在制造、生产过程的聚集效应,从而一定其稳定性。经过历程瞻望影响卵白自聚集的氨基酸位点,去住手氨基酸突变,从而实现卵白假想与优化。

 

分子力学、分子动力学、分子力学/量子力学模拟模块

  •  DS CHARMm

家当标准的分子力学及动力学递次。基于哈佛的CHARMM模拟引擎,CHARMm络绝拓荒升级并增加最新的服从。运用模范而强大的CHARMm谋略引擎及CHARMm系列力场,住手分子动力学模拟,静态钻研卵白、核酸、糖类、脂质、多肽、小分子及相应的复合物等多种分子正在差异状况和状态下的热力学及动力学特性。为了钻研时间尺度更广的生物学进程,DS CHARMm借支撑拉伸分子动力学模拟,可静态钻研配体的去结合进程、通道卵白中离子/配体的推离进程和卵白的去折叠进程及构象的改变,瞻望受体-配体结合自由能。基于DS CHARMm借可以或许回收虚拟的丙氨酸扫描(computational alanine scanning)、饱和突变(Saturated Mutation)方法理会氨基酸突变对蛋白质热稳性、卵白复合物亲和力的影响,从而快速高效天住手蛋白质假想与优化。正在Discovery Studio中CHARMm也可应用于基于组织的药物假想模块。基于CHARMm的对接算法CDOCKER可以或许正确瞻望卵白-配体相互作用相干。在此基础上,运用CHARMm借可以或许住手思考药效团限制的分子对接。同时,经过历程熵的谋略可以或许进一步前进MM-GBSA和MM-PBSA受体-配体结合自由能谋略的准确性。用户可以或许应用CHARMm组件定制重大的模拟流程,也可以或许将该流程与其它谋略应用软件整合在一起应用。支持CHARMm、charmm36、charmm27、charmm22、charmm19力场,可模拟多种Poisson-Boltzmann (PB)和Generalized Born (GB)类型的隐形溶剂模型。支持并行谋略。正在DS4.0版本中又引入了NAMD模拟引擎,使得谋略速度更快。

 

  •  DS CHARMm Lite

用CHARMm Lite瞻望配体取受体亲合力,可得到配体更加正确的打分及排序。CHARMm Lite也可用经过考据的CHARMm、CFF或MMFF力场及其它几个优化算法住手原位的配体优化,它的应用借可扩展到大量配体的下通量理会。所有的事变皆可以或许正在配景并行谋略。

 

  •  DS CFF (低级II类力场)

第二类齐原子力场,可以或许应用于卵白、核酸、糖类、脂质、多肽等大部分生物分子及小分子结构的模拟钻研。

 

  •  DS MMFF (Merck Molecular Force Field)

来自于从新谋略和执行数据的第二类力场,专为准确措置责罚构象能和非键相互作用而假想,用于配体或有机小分子的模拟钻研。

 

  •  DS Analysis

分子动力学结果理会和展现模块。能够大概理会和展现分子动力学轨迹文件,包含对轨迹住手主因素理会、谋略径向漫衍函数、原子间距离和角度等的改变理会、RMSD和RMSF的理会等。可以或许将分子轨迹文件以静态、曲线图和表格的体式格式显现出来。Analysis模块可以或许赞助用户很好天明黑酶催化机制、受体激活和细胞旗子暗记转导进程中分子构象与能量间的相互影响。

 

  •  DS QUANTUMm

应用量子力学/分子力学(QM/MM)方法可以或许从电子水平正确优化靶标卵白-配体复合物中,结合位点处的构象和能量,谋略精度高于单纯的力学优化。其中量化方法回收基于密度泛函现实的DMOL3递次,力学优化回收CHARMm。需求用户定义相应的QM区和MM区。

 

基于组织的药物发现和假想模块

  •  DS Flexible Docking

受体柔性对接器械(“Induced-Fit”对接器械),可以或许实现配体取受体单柔性对接,模拟配体取受体结合时的“诱惑——相符”效应。Flexible Docking模块先对卵白活性口袋的侧链发作多个构象,然后将配体对接到受体的活性口袋当中,最后对得到的配体-受体复合物组织住手优化。Flexible Docking最大的下风在于准确,可以或许邃密天钻研配体-受体的相互作用信息,适合于作用机理钻研。需求DS CHARMm, DS LibDock, DS Catalyst Conformation, DS Protein Refine模块支持。

 

  •  DS LigandFit

基于形状婚配的分子对接递次,回收蒙特卡罗方法对小分子的柔性住手采样。LigandFit模块可以或许随意马虎快速天将小分子化合物对接到生物大分子的活性位点中,是一个快速、灵活的分子对接递次,可以或许思考配体结合取向、结合构象和形状婚配等多种因素。LigandFit正鄙人通量虚拟选择时可并行谋略。同时具有设置interaction filter的服从。

 

  •  DS LibDock

快速的分子对接器械,适用于对大规模数据库住手快速正确的虚拟选择。LibDock凭证小分子构象与受体相互作用热区(Hotspot)婚配的原理将这些构象对接到受体的结合口袋当中,其最大的下风在于速度快,可以或许并行运算,适合于住手大规模虚拟选择,与DS Catalyst Conformation中的CAESAR等快速生成构象的方法结合应用更佳。

 

  •  DS LigandScore

回收经过考据的打分函数和特定的描写符,评价受体-配体间的相互作用。经过历程对对接结果的理会,可赞助用户一定结合情势方面可以或许存在的问题,区分正确或缺点的结合构象,把差异结合构象的配体按序排序以供选择或剖析应用。可自定义参数,可将统统设置生计并与其他使用者同享。LigandScore正鄙人通量的虚拟选择时也可并行谋略。

 

  •  DS CDOCKER

是基于CHARMm的对接递次,回收soft-core potentials和optional grid representation将配体分子与受体活性位点住手对接。首先回收高温动力学的方法随机搜索小分子构象,随后回收模拟退火的方法将各个构象正在受体活性位点区域住手优化,从而使对接结果更加准确。Dock Ligands (Pharmacophore Restraints and CHARMm)方法借可以或许正在应用CHARMm力场住手对接的进程中思考药效团的限制,那一服从的实现需求DS CHARMm和DS Catalyst Score的支持。

 

  •  DS GOLD interface

DS供给了GOLD递次的接口,并提供了设置interaction filter的服从。需求用户有GOLD软件才能应用。

 

基于片段的药物假想模块

  •  DS Ludi

全新药物分子假想器械。应用Ludi去发现新的具有隐蔽活性的化合物,可勤俭研究者大量的时间。Ludi强大的假想器械允许使用者正在执行理会之前模拟选择,并允许对已有的化合物住手刷新。Ludi易于支配,它包含有drug-like片段库,同时也允许用户将自己的分子片段加入到片段库中。

 

  •  DS De Novo Evolution

正在Ludi跟尾情势基础上发展而去的基于受体的小分子药物从新假想方法。正在给定母核组织的状态下,DS De Novo Evolution可以或许自动天为研究人员假想隐蔽的与受体有下亲和力的小分子化合物,大大膨胀了全新小分子药物发现及刷新的周期。DS De Novo Evolution能够大概正在一定分子骨架的基础上发现与受体结合位点组织和化学特性互补的全新小分子,并可以或许住手不同层次的优化,包含分子水平和片段水平,是假想Me-Better类药物分子的有力器械。

 

  •  DS MCSS

基于片段的药物假想器械。可以或许将多个分子片段同时对接进入蛋白质的结合位点,寻觅片段的最好结合位置区域,是强有力的全新药物假想器械,也可以或许用来表征和理会蛋白质结合位点处的特性。那一服从的实现需求DS CHARMm。

 

  •  DS Grow Scaffold

基于药化反响反应生长片段器械。能够大概拔取配体分子中某个原子也许某一个基团作为反响反应位点,拔取模范的药化反响反应住手片段生长,如:酰胺剖析反响反应、醚剖析反响反应。可选择性的回收MM-GBMV/SA模型优化配体分子和/或拔取的部分卵白分子侧链。最后凭证卵白口袋婚配特性枚举化合物并住手帕累托优化。经过历程这种方法假想得到的分子更易于执行剖析。

 

  •  DS Replace Fragment

基于电子等排体交流的骨架跃迁器械。可以或许正在有受体卵白组织的指导下住手也许脱离卵白组织的需求整丁住手。可选择性的回收MM-GBMV/SA模型优化配体分子和/或拔取的部分卵白分子侧链。也可以或许选择性的回收用户自定义的分子描写符以基于组织相似性对分子住手排序和过滤。最后凭证卵白口袋婚配特性枚举化合物并住手帕累托优化。

 

基于药效团的药物发现和假想模块

  •  DS Catalyst Conformation

多样、完好且快速的构象模型生成器械,可以或许选择回收Polling或CAESAR算法,也可采用系统搜索或随机方法生成构象,生成的构象可用于发生药效团模型或住手数据库搜索。

 

  •  |88338.comDS Catalyst Hypothesis

对一组化合物住手基于特性组织的比对并自动生成药效团模型的器械。这些特性组织包含亲疏水性基团、氢键给体/受体和正/负电荷基团等。发作药效团模型时如果供给具体的活性数据,可以或许发作3D-QSAR药效团并用之去瞻望新化合物的活性,如果正在发作药效团的进程中思考清除体积,从而引入受体占有空间位阻的信息,精修后得到的药效团模型可以或许前进瞻望才气;发作药效团模型时如果不供给具体的活性数据,可凭证化合物和药效团叠合、婚配的状态对候选分子或三维数据库征采结果的活性住手定性的评价。关于已知受体-配体结合情势的晶体结构复合物,用户可以或许基于该复合物着实的相互作用特性直接发作具有选择性的药效团模型。

 

  •  DS Catalyst Shape

用一个特定化合物的形状做模板,一定可以或许与此模板具有相似形状的化合物。该模块是对基于化学特性药效团征采方法的一个有效补充。

 

  •  DS Catalyst Score

供给了分子和药效团之间对比、叠合的器械,快速天评价或排序执行得到的或数据库中的化合物。

 

  •  DS Catalyst Structure Based Pharmacophore (SBP)

基于受体组织发作精准的药效团模型。SBP从受体位点的特性直接得到相互作用位点图,并且将这个信息转化成适用于快速三维数据库检索的药效团模型。这些相互作用位点图还可以或许住手编辑、分类,以确保只要最重要的信息会被生存下来用于虚拟选择。同时SBP中还可思考受体活性位点处氨基酸残基的空间排布,使得经过历程虚拟选择得到的分子不但满足和受体结合位点化学特性上的互补,借可以或许正在空间上很好天结合正在活性位点空腔处。SBP引入了那些应用受体组织信息的最好方法,这些方法曾正鄙人通量选择的执行状况中所应用。应用Catalyst SBP模块,用户可以或许随意马虎天构建属于自己的药效团数据库。

 

  •  DS Catalyst DB Build

直立及管理化合物的三维组织数据库,与DS Catylyst DB Search可合营应用,用于基于药效团模型的化合物数据库虚拟选择。

 

  •  DS Catalyst DB Search

基于药效团住手数据库搜索的器械,可以或许赞助科研人员查找到可以或许的先导化合物。这些可检索的药效团中搜罗了结合特性、形状和特性约束等信息,将这样的药效团作为一个数据库的检索条件,正在搜罗了不可胜数分子结构的商业或内部数据库中住手查询。DS Catalyst DB Search正在检索时借思考了分子三维组织的柔性。

 

  •  DS De Novo Ligand Builder

药效团指点的全新配体构建器械。它回收一种新颖而奇异的基于片段的药物假想方法(FBDD),片段布置的位置受药效团布置。这样发作的化合物不但与卵白活性位点互补,而且化合物之间的互补性有益于发生新的先导化合物。这个有力的器械能用于迅速发作许多搜罗与特定靶标结合必需特性的化合物。

 

  •  PCDB (PharmaCoreDB)

PCDB是由北京大学联合上海药物所、创腾科技有限公司和中国医学科学院药物所、四川大学及华东理工大学,合营推出的一个具有自主知识产权的,面向生命科学和药物研发领域的药效团数据库(该数据库的研发得到了国家863课题的资助)。PCDB 2.0供给了高出2300个基于靶标组织或活性小分子的药效团,并凭据靶标类型、卵白来源、相关疾病、治疗领域、生化类型等方面住手了分类,其中的大多数药效团皆经过搜检并凭证需求住手手工修正,具有很下的可靠性。相关钻研结果注解该药效团数据库可以或许很好天应用于活性分子的选择、多靶标多配体结合钻研、中药多组分协同作用机理钻研等药物钻研的热点领域,同时正在发现现有药物的新用途方面也有很好的应用前景。

 

  •  PharmaDB

药效团数据库,搜罗基于scPDB(2012)中7028个复合物晶体结构构建的117423个药效团模型,并凭证差异的靶标类型住手了分类,是目前市场上最大的受体-配体复合物药效团数据库。结合PharmaDB,Discovery Studio可以或许快速有效地住手反向找靶、中草药有效成分确切定和化合物毒副作用评价。

 

基于小分子的药物发现和假想模块

  •  DS QSAR,DS QSAR+

定量构效相干钻研器械。可以或许谋略接近千种取生物活性或ADME/T性质相关的描写符,包含分子拓扑描写符、分子指纹在内的一系列基本性质。同时可以或许调用半经验量子力学递次VAMP谋略与电子相关的描写符。借供给了多种统计器械,如Bayesian模型、多元线性回归、恰恰最小二乘法等,用于对各种重大数据住手建模和数据挖掘。

 

  •  DS MMP

能够大概运用之前的执行数据快速得到活性峭壁(activity cliff),用来晓畅组织已知的化合物相关基团之间性质差异,从而假想组织新颖的化合物。

 

  •  DS DMOL3 Descriptor

应用基于泛函密度现实的量子力学递次DMOL3谋略分子中与电子相关的描写符。

 

  •  DS Library Design

大规模组合化学库的构建和理会器械。Library Design模块供给了一整套专为化学库假想而定制的分子相似性和多样性聚类分析方法。用户可以或许快速天构建各种组合化学库,应用强大的统计学理会和展现器械对组合化学库的各种性质住手理会和对比,正在化学库假想进程中应用Pareto优化方法优化多种性质等,以抵达用户按实际需求对化合物库住手整理和刷新的目的。

 

  •  DS ADMET & TOPKAT Toxicity Bundle

供给了从化学组织瞻望吸收、漫衍、代谢、吸取(ADME)和毒理性量的器械。优化ADME/T性质正在药物研发进程中是非常关键的,因为据统计高出80%的新化学实体正在新药钻研的前期被镌汰。劈头估计这些得胜的启事有一半是由于ADME/T性质不符合要求。ADMET模块供给了谋略ADME/T瞻望值的器械,能够大概正在药物发现的晚期阶段便对可以或许有问题的新化学实体住手瞻望。运用这些模块将显着天降低药物发现的费用,同时勤俭了成功候选药物发展和评价的时间。DS ADMET现在搜罗了血浆卵白结合、肝毒性、人细胞色素P450 2D6酶结合、被动的肠内吸收性、血脑屏障穿透性、25合下的水溶性等6个模型。直立这些模型的数据来源于大量文献报导和执行的数据,同时这些模型皆得到了广泛的考据。它们可以或许用来理会和假想虚拟组合库,也可以或许用来理会单个分子。TOPKAT模块供给了化合物毒理性量瞻望器械。经过历程化合物的二维组织信息构建下质量的QSTR(定量组织-毒性相干)模型,并对种种有机化合物的诸如急性毒性、慢性毒性、诱变性、再生性等毒理性量住手瞻望,同时借可以或许思考化合物对状况毒性的影响,大大勤俭执行的时间和投入。DS TOPKAT的专利技术——“最好瞻望空间”评价考据技术(OPS ——Optimum Prediction Space),和高效的批处理瞻望才气,使得它可以或许对大批量的有机化合物的毒理性量住手快速而准确的瞻望,满足种种企业和钻研机构对化合物住手毒理钻研的需求。如今,DS中统统TOPKAT毒性模型均以QMRF花腔提交至欧洲委员会联合研究中心,遵循QSAR模型考据的OECD原则,保障了其规范性和可靠性。研究者也可以或许将自己的毒性数据与已有的毒性数据住手整合,构建新的TOPKAT毒性模型。

 

生物大分子X-ray晶体结构理会模块

  •  DS X-RAY

X-ray科学功能模块为措置X射线晶体学家和基于组织的药物假想科学家供给了从X射线晶体学执行数据到组织构建和粗建的全套器械和事变流程。基于成熟的CNX软件包和DS的流程搭建平台,可以或许很随意马虎天经过历程器械面板、事变流程、命令行等多种体式格式实现组织的检测和粗建,包含发作电子密度图、去除水分子、考据配体的位置和相互作用等支配。别的,借可以或许住手卵白-配体复合物组织的下通量瞻望谋略。经过历程配体正在卵白中的布置、组织优化、溶剂化等一系列自动流程化的运作去实现卵白-配体复合物组织的下通量谋略。

 

产品咨询:

021-51821768转219 (沪办)

010-82676188转213 (京办)

► 问:Discovery Studio 4.0有哪些力场?

     答:CHARMm、CHARMm Polar H、charmm19、charmm22、charmm27、charmm36、CFF、MMFF


► 问:Discovery Studio 4.0动力学有哪些谋略引擎?

     答:正在原有的CHARMm引擎的基础上,4.0又迎来了NAMD。给您更多的选择。


► 问:Discovery Studio 4.0能够大概理会的非键相互作用有哪些?

     答:DS4.0将对非键相互作用住手了重新的假想。类型分为了三种favourable、unfavourable、unsatisfied。

             Favourable包含:Hydrogen Bonds、Electrostatic、Hydrophobic、Halogen、Miscellaneous

              Unfavourable包含:Steric Bumps、Charge Repulsion、Acceptor/Donor Clash、Metal Repulsion


► 问:构建及考据基于受体-配体复合物药效团CBP

   答:随着 X-射线晶体衍射和核磁共振技术的行进,大量的卵白组织被理会,尤其是如果受体和抑制剂复合物组织已知,则从复合物组织中可以或许得到抑制剂中对活性孝顺较大的基团及其空间漫衍。因此,正在基于活性配体构建药效团模型,即 HipHop 和 HypoGen 方法和基于受体的药效团模型 SBP 方法的基础上,Discovery Studio 3.0 又增加了基于受体-配体晶体复合物构建药效团模型的服从(Receptor-Ligand Pharmacophore Generation)。


► 问:构建基于受体组织的药效团模型(SBP)的基本引见?

  答:Structure Based Pharmacophore(SBP)运用已知或假定的卵白活性位点从受体位点的特性直接得到相互作用位点图,并且将这个信息转化成适用于快速三维数据库检索的药效团模型。这些相互作用位点图还可以或许住手编辑、分类,以确保只要最重要的信息会被生存下来用于虚拟选择。同时 SBP 中还可思考受体活性位点处氨基酸残基的空间排布,使得经过历程虚拟选择得到的分子不但满足和受体结合位点化学特性上的互补,借可以或许正在空间上很好天结合正在活性位点空腔处。 SBP 引入了那些应用受体组织信息的最好方法,这些方法曾正鄙人通量选择的执行状况中所应用。


► 问:构建具有活性瞻望才气的药效团(Hypogen)的特性是什么?

     答:Hypogen能够大概构建3D QSAR Pharmacophore 并运用其去瞻望化合物的活性及指导化合物的优化以前进活性。


► 问:构建基于分子合营特性的药效团模型(HipHop)的原理?

  答:HipHop经过历程发现一系列配体小分子所共有的化学特性,并基于这些合营特性组织的比对叠合自动生成药效团模型,用户可以或许应用共有的特性药效团去搜索化合物数据库去寻觅可以或许的先导分子。基于分子合营特性的药效团模型一样也可以或许用于探讨一系列具有相似活性但组织却差异也许组织柔性较大的分子的构效相干。


► 问:Discovery Studio中有几种药效团模型的构建方法呢?

     答:正在Discovery Studio中,共有四种药效团模型构建方法,分别是HipHop,Hypogen,SBP,CBP。


► 问:药效团模型如何晓畅?

     答: 实在不是代表某个分子或某个具体官能团

               代表一组化合物与同一受体一些重要的相互作用

               可以或许认为是大量活性化合物的合营成药特性


► 问:卵白不对接小分子,能不能审查结合位点有哪些氨基酸,如何支配?

  答:首先可以或许经过历程执行数据或文献信息(关键氨基酸)判断结合位点,如果没有上述信息可以或许回收DS中Find Sites from Receptor Cavities器械去找寻隐蔽的活性位点,然后再审查活性位点处残基便可。


► 问:住手卵白同源建模时,对模板卵白的同源性要求是多少?

    答: 模板同源性越下得到的模型质量越下,同源性越低则虽然可以或许构建模型但可靠性却大大降低,因此只管找同源性下的模板去住手模建,如果条件不允许那么一样平常同源性最好也能正在30%以上。


► 问:DS中哪一个模块是对分子对接住手评价的,如何对比同一配体对接卵白的差异构象,如何对比差异配体对同一卵白的对接效果,和如何评价或谋略对接的稳定性?

    答:分子对接结果的评价可以或许回收差异的方法:对接打分对比、作用情势及相互作用(如氢键等)的观察、加入作用的氨基酸残基是否是符合执行结果或文献调研信息、结合能等,这些评价体式格式同时适用于相同配体的差异对接构象和差异配体的对接结果,其中氢键、pai-pai键相互作用可以或许经过历程点击Tools/Receptor-ligand Interactions/ Visualize Receptor-Ligand Interactions下选项去展现,受体-配体结合能可以或许经过历程Calculate binding energy模块去实现;


► 问:叨教用CDOCKER也许Ligandfit做对接的时候,能不能随便的窜改某一个或某几个氨基酸的取向呢?

    答:这两种对接方法都是半柔性对接算法,也就是说卵白正在对接进程中都是贯穿连接刚性的,因此氨基酸残基皆只贯穿连接初始构象,不会做任何变动。

如果您想要思考残基的构象改变因素,提议可以或许回收柔性对接方法。

► 问:一样平常状态下正在做分子对接的时候需求对卵白和配体分子做那些准备呢?

    答:一般说来,卵白一定要经过Clean Protein措置责罚,小分子一定要经过加氢措置责罚,那是所有的对接和药效团所通用的。

如果应用CDocker的话,提议告别对卵白和小分子先加力场,然后再对接,否则可能会出现报错。加力场是经过历程Tools | Simulation | Change Forcefield | Apply Forcefiled,一样寻常回收默许的力场和赋电荷方法便可。
卵白组织一样寻常是不需要住手优化的。小分子是否是优化取决于其来源,如果是来源于数据库,则该小分子的组织一样寻常曾被优化过了,不需要再住手优化,而如果是自己足动画出来的,则一定要住手优化。优化的方法是正在Tools | Small Molecules | Minimize Ligands | Full Minimization,该方法可以或许批量的优化多个小分子,回收默许参数住手优化便可。

► 问:当卵白的结合位点选定的时候,如何应用Discovery Studio软件将该选定结合位点的区域的重要氨基酸标记出来?

    答:您可以或许双击选择重要的氨基酸,右键 | Labels | Add去增添标签,如果是要标记氨基酸的话,正在弹出的小窗口中设置Objects为AminoAcid。


► 问:工程师您好!我正在用CDOCKER对接的时候,如何出能发作pose?

    答:CDOCKER没有对接结果,一样寻常可以或许从以下几个方面去思考:

          1.定义的Binding Sphere的半径:该值只要担保有足够的空间供配体住手对接便可,您设置的30曾很大了,因此实在不是影响您对接结果的启事,提议还是可以或许调小一点;

         2.应用高温动力学发作多构象时的步数:即Random Conformation下的Dynamics Steps参数项,增大该参数,可以或许使配体发作更合理的多构象;
         3.配体对接入卵白活性位点今后的Orientation参数:即Maximum Bad Orientations和Orientation vdW Energy Threshold两个参数,增大那两个参数,可以获得更多的对接pose。
因此,提议您可以或许对后两点提到的参数住手调整。

► 问:如何讨与最新版的Discovery Studio Visualizer?

     答:以下是您讨取的DS3.5 Visualizer下载链接:http://www.neotrident.com/newweb/Downs.asp?DownCata=1


► 问:Discovery Studio Visualizer与我的显卡不兼容怎么办?

     答:Discovery Studio详细的硬件(包含显卡)和系统配置需求睹以下链接:

             http://accelrys.com/products/discovery-studio/requirements/technical-requirements-310.html


► 问:药效团的彩色小球代表什么意义呢?

     答:彩色球体即以下几种药效特性元素:绿色-氢键受体,蓝色-疏水中心,红色-正电荷中心。

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