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Neosuite CNPD www.33138.com产品中心Neosuite CNPD

产品名称(英文):Neosuite CNPD

产品名称(中文):中国天然产物数据库

软件厂家:NeoTrident

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产品简介:

(NeoSuite Chinese Natural Product Datebase, NeoSuite)创腾科技有限公司和中国科学院上海药物研究所联合开发的综合性天然产物数据库。那一数据库运用Symyx公司先进的ISIS化学信息管理系统住手数据管理,可以或许随意马虎天运用ISIS/Base&Draw检索或跟尾其他分子模拟和分子假想软件系统.。

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  • 常见问题

NeoSuite Chinese Natural Product Datebase, NeoSuite)

      创腾科技有限公司和中国科学院上海药物研究所联合开发的综合性天然产物数据库。那一数据库运用Symyx公司先进的ISIS化学信息管理系统住手数据管理,可以或许随意马虎天运用ISIS/Base&Draw检索或跟尾其他分子模拟和分子假想软件系统.。CNPD数据库如今共收集了三十七个类别的57,000多个天然产物,其中70%的分子是类药性分子,相关的数据包含天然产物的CAS登录号,称呼,分子式,分子量,熔点等理化性质,和二维及三维分子结构,生物活性,自然来源和参考文献信息。关于本植物或同属中药,借收录了对应的中文名,拉丁文名,性味,归经及功能主治信息。CNPD可以或许赞助措置药物化学,植物化学,有机化学,医药,农药及生物化学等领域的研究人员系统的了解天然产物分离,提取和核定的钻研方法;也许对天然产物的组织及生物活性信息住手定量或定性的分析研究,深切了解某类药物的组织与活性间的相干,为新药钻研供给系统的和有价值的信息。由于天然产物的组织具有非常好的差异性,因此数据库中的许多化合物借可以或许作为组合化学假想的肇端组织。


     中国天然产物数据库[Chinese Natural Product Database (CNPD® )]是创腾科技有限公司和中国科学院上海药物研究所联合开发的综合性天然产物数据库。那一数据库是正在SYMYX化学信息管理系统的基础上直立并完成的。SYMYX化学信息管理系统是如今国际通用的管理体系,使用方便,兼容性好。

    CNPD®是面向相关领域的科学家直立的易于应用的综合性天然产物数据库系统,该产品力图系统的收集、整理、理会从中国国产的植物中分离核定出的天然产物的物理性质、生物活性及化学组织等信息,结合中国传统中草药的应用实际,运用最先进的计算机化学信息管理伎俩,为中国的新药、天然产物及相关领域的钻研与拓荒事变,供给一个汗牛充栋的好器械。 
 

CNPD® —物有所值的天然产物数据库
 
       CNPD® 数据库包含两方面内容:一是库管理体系,二是数据本身。
       CNPD® 数据库的一个重要方面是管理体系。CNPD® 的数据库是运用SYMYX公司先进的ISIS化学信息管理系统住手数据管理,可以或许随意马虎天跟尾其他分子模拟和分子假想软件系统如Discovery Studio. SYMYX公司的ISIS系统正在Windows 状况下运转,使用者无需任何专业计算机知识, 不需学习任何编程言语, 便可运用ISIS/Base & Draw对CNPD® 数据库自如天住手检索、浏览和珍爱。更重要的是,使用者正在应用ISIS/Base & Draw对CNPD® 数据库住手检索时,借可以或许应用到一种非常有效的新功能结构式征采。化学结构式是化学家的通用言语,当化学家运用结构式征采服从对CNPD® 数据库住手检索时,可以或许非常准确的得到他们所需的信息。
      CNPD® 数据库的另一个重要内容就是数据本身。CNPD® 如今共收集了五万七千多个天然产物,涵盖天然产物的三十七个类别。而且类药性理会结果标明,CNPD® 中有70%的分子是类药性分子。

生物碱            

甙                 

黄酮              

蒽醌              

菲醌              

萘醌

苯醌              

苯并呋喃         

苯并吡喃         

木脂素           

强心甙            

萜烯              

倍半萜            

二萜               

三萜               

单萜              

香豆素            

芪(二苯乙烯) 

alkaloid|

glycoside

flavonoid

anthraquinone

phenanthraquinone

naphthoquinone

benzoquinone

benzofuran

benzopyran

lignans

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terpene

sesquiterpenoid

diterpenoid

triterpenoid

monoterpenoid

coumarin

stilbene

氨基糖甙

多糖|04484.com

核苷

多烯

二烯

聚醚

脂环

杂环

大环内酯

单宁

苯甲酸

甾体

甾体皂甙

其他

aminoglycoside

peptide

polysaccharide

nucleoside

polyene

diene

saccharide

polyether

alicyclics

heterocycle

macrolide

tannin

phenol

acid

benzoic acid

steroid

steroidal saponin

other

同时CNPD® 借收集了天然产物相关的种种信息,主要包含:

1)天然产物的二维分子结构及三维分子结构。三维分子结构是运用分子力学方法优化得到的。导出的三维分子结构不但可以或许住手针对药物靶标的虚拟选择,而且可以或许将三维分子结构与生物活性质料相结合, 去探讨分子结构和活性间的相互关系。
2)天然产物的称呼、分子式、分子量、熔点、旋光度等重要理化性质。
3)天然产物的CAS登录号。CAS登录号可以或许作为与其它化学信息资源联络干系的便当接口。
4)一些天然产物的生物活性信息及其参考文献。包含文献来源、作者、年代等详细信息。
5)天然产物的自然来源及其参考文献。包含文献来源、作者、年代等详细信息。
6)本植物或其同属中药正在中国传统医药中的应用。包含中文名,拉丁文名,性味,归经及遵守主治等。

CNPD® 的应用
      CNPD® 可以或许为措置药物化学、植物化学、有机化学、医药、农药及生物化学等领域的研究人员供给无益的赞助。它可以或许赞助研究人员系统的了解天然产物分离、提取和核定的钻研方法;也许对天然产物的组织及生物活性信息住手定量或定性的分析研究,深切了解某类药物的组织与活性间的相干, 为新药钻研供给系统的和有价值的信息。由于天然产物的组织具有非常好的差异性, 因此天然产物数据库中的许多化合物可以或许作为组合化学库假想的肇端组织。其余,CNPD® 首次将天然产物、生物活性数据、本植物来源及中药传统应用领悟在一起,并且供给三维组织信息及其Rasmol在线展现,以是它可以或许赞助科研人员丰裕了解中国天然产物资源。

 

应用实例:
       用虚拟选择方法从天然产物数据库CNPD® 中发现活性化合物.此实例是由中国科学院上海药物研究所药物发现与假想中心供给,可参考文献:CMC,2003,10,2327-2342。

第一步、针对钾离子通道组织的CNPDTM虚拟选择
     KcsA钾离子通道的晶体结构的CNPD® 虚拟选择如图1所示。用分子对接递次,将CNPD® 中的每个化合物对接到钾离子通道的结合口袋中,凭证形状婚配和作用能打分,拔取前200名分子并优化每个复合物的组织,并谋略结合能,结果如图2所示。拔取分子对接打分和结合能均较低的化合物14个,再谋略结合自由能。

第二步、虚拟选择结果和候选化合物的类药性理会
      为了评价这些化合物的类药性,另从SYMYX/MDDR数据库中选出了206个钾离子通道阻滞剂,用来鲁华教授等发展的XlogP递次计算了它们的logP值,结果如图3所示。70%的钾离子通道阻滞剂的logP正在0-6之间,9个用于临床的化合物的logP正在2-6之间。从CNPDTM数据库中征采出的200个化合物,96%的logP正在0-6之间,最后选择的14个化合物的logP正在0.26-6.19之间,注解这些化合物能用于细胞水平的选择。


图1. 基于钾离子通道的虚拟选择流程
 

图2. 前200个化合物经优化后谋略的结合能(BE2)与分子对接谋略作用能的对比(BE1):(化合物15-200;    :化合物 5-14;     :化合物1-4).

 
图3. (A) MDDR 中钾离子通道阻滞剂logP值漫衍;(B) CNPDTM打分前200名化合物logP值漫衍.

 

第三步、电心思测试
     因为14个候选化合物中只收集到了4个化合物的样品(图2中蓝三角),以是只要4个化合物住手了电心思测试。电心思测试注解,这些化合物均对老鼠海马神经元IK有遏止作用,其中化合物2、3和4对IK有选择性的遏止作用。图4是化合物2的电心思测试结果。这些化合物的结合亲和性告别比四乙基铵 (TEA, 一种常用的钻研钾离子通道服从的器械药) 下20-1000倍。药理测试注解,这些化合物有显着的抗心律失常活性。因此,化合物2-4皆可以或许发展成为交换TEA的器械药,住手钾离子通道的神经生物学和心血管服从钻研。


图4. 化合物2电心思测试结果

前景展望
     上述钾离子通道阻滞剂发现的例子,说明虚拟选择的方法是获得先导化合物的一个有效方法,而CNPD® 是一个有价值的用于虚拟选择的小分子数据库。其余,上海药物所用类似的方法针对PPARg配体结合区域的晶体结构,征采了CNPD® ,结合他们自己发展的配体垂钓(ligand fishing)技术,正在两个星期内即得到了两个活性较下的PPARg激动剂。这些例子说明,虚拟选择方法选择天然产物数据库CNPD® 是获得先导化合物或活性化合物的一条有效的路子。正在中国的新药、天然产物及相关领域的钻研与拓荒事变中,是一个汗牛充栋的好器械。

 

 

产品咨询:

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►  问:Neosuite CNPD数据库搜罗了哪些信息?

     答:Neosuite CNPD是创腾科技有限公司和中国科学院上海药物研究所联合开发的综合性天然产物数据库。如今共收集了三十七个类别的57,000多个天然产物,其中70%的分子是类药性分子,相关的数据包含天然产物的CAS登录号,称呼,分子式,分子量,熔点等理化性质,和二维及三维分子结构,生物活性,自然来源和参考文献信息。


►  问:Neosuite CNPD数据库是否是搜罗化合物的三维组织?

     答:Neosuite CNPD搜罗化合物的三维分子结构,是运用分子力学方法优化得到的。导出的三维分子结构不但可以或许住手针对药物靶标的虚拟选择,而且可以或许将三维分子结构与生物活性质料相结合, 去探讨分子结构和活性间的相互关系。

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